他不说朱由检还没想到，听到毛文龙这个问题，朱由检立刻想到了海军有可能夹带货物、监守自盗，所以他立刻道：
“用于军务的民船，同样需要注册。”
“只有确定在执行军务时，才能不用纳税。”
“海关要派出人员检查，和海军一起开具证明，严防这些船只私运货物夹带。”
“除了军队后勤货物，以及水师官兵的私人物品外，这些船只运输的其它货物，同样需要缴税。”
这个决定，让俞咨皋心中更是哀叹，觉得受到的限制更多了。海关是海军护军使直管，派出的人员不一定会卖他这个海军提督面子。到时候他再想要运货，那就不容易了。
他是感觉皇帝对海关的设置越来越严密，但是朱由检却感觉到，海关作为新设机构，需要补的漏洞实在太多，自己一个人根本忙不过来。
所以，除了在海军学堂设立海关专业外，朱由检决定在海军衙门设立监察机构，向兵部尚书、协理三法司的袁可立道：
“监军总署进展得怎么样了？”
“海军衙门要设立监察署，派遣监察御史监督。”
“海军衙门的监察不能全靠太监，兵部和都察院要承担起责任来。”
把海军衙门这个新设机构，纳入兵部和都察院监管。