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设南京为陪都，好处是有的，这就像是一个冗余备份，若是有朝一日北平待不住了，或因为某些缘故待不了了，还能撤回南京来。
保留机构和人员，进退都方便。
事实上，在历史中朱棣迁都之后，他的儿子朱高炽，孙子朱瞻基也一样想回南京，并不想待在北平。
只不过朱高炽迁都回南京的准备还没做好，自己先去找朱棣说明情况，解释原因去了。
而朱瞻基考虑到自己年纪还小，不怎么想去陪爷爷，加上那段时间南京频频地震，想着回去之后睡不安稳，索性也就搁置下来。
大明迁都北平的过程并不是坚定的，也不是一帆风顺的，而是波折，再波折。
朱允炆不允许这种波折继续存在，什么陪都，什么行在，南京没六部，不留一套班子，大明唯一的政治中心就是北平，没有任何一个地方可以与它相提并论！